Formato: Ebook | Este libro aborda el estudio de la Bioinformática centrándose, precisamente, en estos dos enfoques. En los primeros capítulos se estudian las características de la información biológica y qué principios es necesario tener en cuenta a la hora de diseñar un sistema de información biológico. Por otro lado, es segunda parte, la obra se centra en presentar herramientas y métodos de análisis de dicha información biológica.Es importante subrayar que se ha hecho especial hincapié en seleccionar herramientas de fuentes abiertas open source, ya que de esta manera estarán a al alcance de cualquier lector, sin tener que depender de onerosos costes de licencias.
Bioinformática
David Roldán Martínez
| 2015 | Impreso | 262 | Rústica | 17 x 24 cm. |
Descripción
Este libro aborda el estudio de la Bioinformática centrándose, precisamente, en estos dos enfoques. En los primeros capítulos se estudian las características de la información biológica y qué principios es necesario tener en cuenta a la hora de diseñar un sistema de información biológico. Po otro lado, es segunda parte, la obra se centra en presentar herramientas y métodos de análisis de dicha información biológica.
Es importante subrayar que se ha hecho especial hincapié en seleccionar herramientas de fuentes abiertas open source, ya que de esta manera estarán a al alcance de cualquier lector, sin tener que depender de onerosos costes de licencias.
Información adicional
| Peso | 0,42 kg |
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Tabla de contenido
Autor
Prólogo
Capítulo 1
Introducción
1.1 A quién va destinado este libro
1.2 Estructura de este libro
1.3 Leyendas
Capítulo 2
Fundamentos biológicos
Fundamentos biológicos
2.1 Fisiología celular
2.2 Morfología del cromosoma
2.3 Ácidos nucleicos
2.3.1 Adn
2.3.2 Arn
2.3.3 Código genético
2.4 Dogma central de la biología molecular
2.5 Regulación génica
Capítulo 3
Formatos de ficheros
Formatos de ficheros
3.1 Datosenbruto
3.2 Fasta
3.3 Fastaq
3.4 Sam/bam
3.5 Gff/gff3
3.6 Gvf
3.7 Vcf.
3.8 Bed
Capítulo 4
Bases de datos genómicas
Bases de datos genómicas
4.1 ¿Qué es una base de datos genómica?
4.2 Clasificación de las bases de datos genómicas
4.3 Características de la información genómica
4.4 Construcción de una base de datos genómica
4.5 Modelado de información genómica
4.6 Integración de bases de datos biológicas
Capítulo 5
Práctica 1: Diseño de bases de datos biológicas
Práctica 1: Diseño de bases de datos biológicas
5.1 Diseño relacional
5.2 Diseño xml
Capítulo 6
Principales bases de datos genómicas
6.1 Genbank
6.1.1 Formato del registro
6.1.2 Cabecera
6.1.3 Sección de características
6.1.4 Sección Orgin
6.2 Refseq
6.3 Uniprot
6.4 Pdb
6.4.1 Formato del registro
6.4.2 Tipos de registros
6.4.3 Estructura del fichero
6.5 Otras bases de datos genómicas
6.5.2 Bases de datos de secuencias de ARN
6.5.3 Bases de datos de secuencias de proteínas
6.5.4 Bases de datos de patrones y perfiles
6.5.5 Bases de datos clínico-genéticas
6.5.6 Bases de datos de mutaciones y SNP
6.5.7 Bases de datos de genómica funcional
Capítulo 7
Prácnca2: búsqueda de secuencias
Prácnca2: búsqueda de secuencias
7.1 Secuencias de organismos procariotas
7.2 Secuencias de organismos eucariotas
7.3 Búsqueda de variaciones
7.4 Ejemplo de estudio de una proteína
Capítulo 8
Análisis de secuencias
8.1 Detección de orf
8.2 Análisis de calidad
8.3 Alineamiento
8.3.1 Gráficos de puntos
8.3.2 Alineamiento de pares
8.3.3 Alineamiento múltiple
8.3.4 Puntuación del alineamiento
8.4 Identificación de variaciones
8.5 Anotación
8.6 Visualización
8.7 Pipeline s analíticos y sistemas de flujo de trabajo
Capítulo 9
Práctica 3: análisis de secuencias
Práctica 3: análisis de secuencias
9.1 Análisis de la calidad con vecscreen
9.2 Análisis de la composición del adn
9.2.1 Búsqueda de palabras
9.2.2 Estadísticas de la secuencia con genomatix
9.2.3 Búsqueda de repeticiones
9.2.4 Búsqueda de orf
9.3Alineamiento de secuencias con blastn
9.4 Edición de alineamientos
9.4.1 Creación de grupos
9.4.2 Reordenación del alineamiento
9.4.3 Adición y borrado de huecos
9.5 Búsqueda de secuencias homólogas con sib-blast
9.6 Alineamiento múltiple
9.6.1 Alineamiento múltiple con clustal omega
9.6.2 Alineamiento múltiple con muscle
9.6.3 Alineamiento múltiple con t-coffee
Capítulo 10
Proteómica
Proteómica
10.1Generalidades
10.2Estructura de las proteínas
10.3 Métodos de predicción
10.4 Modelado por homología
10.5 Reconocimiento de pliegues
Capítulo 11
Práctica 4: análisis de proteínas
Práctica 4: análisis de proteínas
11.1 Análisis blast
11.2 Búsqueda de dominios funcionales
11.2.1 Búsqueda de dominios con EBI-Interpro
11.2.2 Búsqueda de dominios con PF AM
11.3 Predicción de la ubicación subcelular
11.4 Búsqueda de estructuras de referencia
11.5 Búsqueda de motivos
11.6 Análisis de la estructura primaria de una proteína
11.6.1 Traducción del ADN en secuencia proteica
11.6.2 Predicción de las propiedades físico-químicas
11.7 Predicción de la estructura secundaria
11.8 Predicción de la estructura terciaria
11.9 Predicción de genes con genscan
Bibliografía
Índice alfabético
